昭和9年に高山本線開通に合わせて高山駅として設置されました。 開業時に建設された駅舎は木造大壁造の2階建ての駅舎で、平成26年まで約80年に渡りそのまま使用されてきました。 平成26年度から工事が始まり、橋上駅舎と東西を結ぶ自由通路が新たに設けられたJR高山駅が供用開始。 東西自由通路は『匠通り』、東口は『乗鞍口』、西口は『白山口』といった愛称が付けられ、飛騨高山の玄関口として皆様をお出迎えいたします。 新しい駅は改札が2階となっており、線路の東西を結ぶ匠通りに接続され、東西どちらからも駅を利用できます。 この匠通りは、歩行者専用道路として24時間いつでも通行可能です。 内装には飛騨産のヒノキを多用し、「木の国・飛騨高山」を表現しています。 駅の正面となる東側外壁は、町屋の雰囲気をモチーフとした格子パネルを設置し、夜には漏れ出る灯りを意識した演出照明を使い、落ち着いた外観を映し出します。 匠通りの壁面は祭屋台をテーマとしており、構造の違う二種類の祭屋台の下段部分を実物大で展示しているほか、14ヶ所の展示ケースには、各屋台で役割を終えた車輪や装飾品、実際に使用した大工道具などを展示しています。